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通过这一次长期思考再一次奠定了他数年前就推演出来的哲学命题——我思故我在！
同时，他认为，人类在思考问题的时候一定要有一个固定的参照物，否则就是偏颇的，不全面的，他常说：在我们做梦时，我们以为自己身在一个真实的世界中，然而其实这只是一种幻觉而已。
这一思潮与庄周梦蝶有异曲同工之妙。
他喜欢用对照的方式来思考问题，这就在哲学体系上构成了一个新的见解——二元论。
他认为，既然有上帝那么，就一定会有魔鬼，有死亡就有新生，有好的就有必定有坏的……这种说法其实很极端，没有用辩证的方式来看世界。
同样的，也没有学会用儒家的中庸思想来解释一些灰色地带。
为此，他的性格中就出现了极大地对立性。
他声称是虔诚的罗马天主教徒，以及“沉思”的目的是为了维护基督教信仰。
但是在他自己的真正表现上，笛卡尔被指控宣扬秘密的自然神论和无神论信仰。
他的挚友布莱兹·帕斯卡说：“我不能原谅笛卡尔；他在其全部的哲学之中都想能撇开上帝。
然而他又不能不要上帝来轻轻碰一下，以便使世界运动起来，除此之外，他就再也用不着上帝了。”
乔勇，张梁这些大明帝国的使者们认为，按照大明学术的分界来看笛卡尔先生，他正处在一生中最重要的时刻——顿悟！
顿悟过去之后，便是他成为圣人的高光时刻。
就像大明的王阳明先生在军营练气，忽然长啸一声，声震十里……
笛卡尔先生以为抵达罗马的时候，就是他上火刑柱之时，没想到，他才住进了罗马的宗教裁判所，那个下令捉他来罗马受刑的教宗就突然死了。
然后，在某一个阳光明媚的清晨，他离开了牢房，见到了等候他多时的外孙，与外孙女。
离开的时候，笛卡尔先生没有刻意的去感谢教宗亚历山大七世。
他简单的认为，一个接受过俗世最高等教育的亚历山大七世绝对是一个眼界开阔的人士，不用感谢他，相反，教宗应该感谢他——笛卡尔还活着。
他自认为，自己的头颅已经不属于他自己，应该属于全法国，甚至属于全人类……
虽然监狱没有伤害他，他虚弱的身体还是不能让他立刻离开罗马回到巴黎，因此，他选择住在阳光明媚的罗马，在这里修整一段时间，顺便让人去找教宗讨回属于小笛卡尔以及艾米丽的那笔财富。
两年时间，小笛卡尔已经成长为一个英俊的少年了
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